顺治二年闰六月初七,明福建巡抚张肯堂、礼部尚书黄道周及南安伯郑芝龙、靖虏伯郑鸿逵等,奉唐王朱聿键称监国于福州。闰六月二十七日称帝,改福州为天兴府,以是年为隆武元年。朱聿键,朱元璋九世孙,端王朱硕之孙。

1645年(清顺治二年、南明弘光元年)六月二十八日,朱聿键在福建建宁称监国。闰六月丁亥(初七)至福州,以南安伯府为行宫。二十天后,朱聿键于福州正式称帝,改元隆武,宣布从七月初一起改弘光年号为隆武元年。改福建布政司称福京,改福州行在为天兴府,改布政司为行殿,建行在太庙、社稷及唐国宗庙。升郑芝龙为平虏侯、郑鸿逵为定虏侯,封郑芝豹为澄济伯、郑彩为永胜伯。以黄道周为吏部尚书、武英殿大学士,蒋德为户部尚书、文渊阁大学士,朱继祚为礼部尚书、东阁大学士,曾樱为工部尚书、东阁大学士,黄鸣俊、李光春、苏观生等人为礼、兵各部左右侍郎兼东阁大学士。

隆武帝即位后上高曾祖父四代帝号,高祖唐敬王朱宇温为惠皇帝,曾祖唐顺王朱宙为顺皇帝,祖父唐端王朱硕为端皇帝,父唐裕王(追封)朱器为宣皇帝。四代祖妣皆追封皇后。封弟朱聿锷为唐王,封国南宁;升叔德安王朱器?为邓王;追封弟朱聿为陈王,子朱琳为陈王世子。遥上弘光帝尊号“圣安皇帝”。隆武元年七月下令将嘉靖年间皇极殿、中极殿、建极殿三殿之名恢复为奉天殿、华盖殿、谨身殿,各衙门前加“行在”二字。

依据伦序,最有资格继承皇位的帝广西的桂王,但桂王当时距离江南太远。而众明臣齐推唐王朱聿键的另外一个原因是他的封地在南阳。这是东汉光武帝刘秀的起家之地。众臣推唐王朱聿键为帝,想把他当作重振大明的标志,很想让他暗和天意,争取做一个明朝的“光武帝”,复兴明朝。

隆武帝举行大典仪式当天,大风雾起,拔木扬沙,尚玺官的坐骑受惊,玉玺摔落,碰坏一角。众人心惊,皆认为兆征不祥。虽然如此,隆武君臣还是很有平复天下的决心,锐意恢复。

1646年(隆武二年)8月21日,隆武帝逃出延平,又想取道汀州去江西。如此危难紧急关头,酷嗜读书的隆武帝仍然“载书十车以行”,边逃边读,边读边逃。小路狭隘,书又沉,更拖慢了诸人的逃跑速度。

到汀州城外时被清军追上,他带着曾皇后和随驾的周之藩等躲入关帝庙。清兵在门前厉声呼喝:“谁是隆武?”周之藩舍身想掩护隆武帝脱险挺身呼曰:“吾乃大明皇帝也”,清军群射之。周之藩拔箭,手杀数十人,最后脑后中箭,坠马被杀。将军熊纬督二十余人格斗,最后喉咙中箭而死。清兵也怀疑他不是隆武帝,进庙搜查,只见后门洞开,庙内空无一人,知隆武帝和曾皇后已从后门逃入汀州城内。[

到汀州时,隆武帝的随从仅仅五百人而已。隆武帝在汀州刚歇过一口气,转天凌晨,清军前锋统领努山命令几百个兵士穿上明军服装,打着明军旗号,直奔城门。汀州守军以为是败退下来的明军,让清军进程,清军一拥而入,俘获了隆武帝和曾皇后,并将他俩分别押入轿子送往福州。到闽江支流九溪边停下休息时,曾皇后猛然窜出轿子,哭喊一声,陛下宜殉国,妾先去了。纵身跳崖身死。朱聿键也几次想自尽,都因清兵的严密监守而未成,于是绝食而死在福州囚处。