自明朝永乐皇帝朱棣即位起，就集倾国之力动工：明朝初期大才子解缙“领军”，集结全国各地文士专家学者两千一百九十六人，以《洪武正韵》的韵目分列单类，辑录从经史子集到“农艺”“工技”等类别的书籍八千多种。经历多年艰辛编撰，总算在永乐六年（1408）冬季，完成了史无前例成绩：本书22937卷，11095册，三亿七千万字，汇聚中国古代书籍七八千种，被全球公认为人们迄今为止最大的百科辞典。
《永乐大典》一共有2个版本，分别是明成祖永乐七年完成的《永乐大典》，也称永乐原本或永乐本；也有是嘉靖皇帝当政期内重录的嘉靖副本或是明嘉靖抄本，这两个版本在內容、尺寸、格式、字体样式这些层面全是一模一样的，沒有区别。
但是，伴随着明清易代，重录版的《永乐大典》，竟此后开始了艰难的厄运。起先在清朝“康乾盛世”时，这被储存在翰林院，理论上应非常完整的《永乐大典》，就已经流失了两千四百二十二卷。伴随着清朝的愈发腐败问题，鸦片战争暴发前，宝贵的《永乐大典》，更被各个高官夹带私货，悄悄带回去珍藏。乃至目前市面上，都出現了高价位出售的《永乐大典》散卷。
随后而至的第二次鸦片战争，更变成《永乐大典》的浩劫。席卷北京故宫的英法联军，自然也没错过翰林院。大量的《永乐大典》从此被劫走。十九世纪末期，大清国的翰林院，如同变成艺术品市场，宝贵著作沦落坊间都并不是怪事。光绪元年时，清朝翰林院储存的《永乐大典》，就只剩了不上五千册。来到甲午海战前夕时，更只剩了八百册。“缩水”速度，目瞪口呆。
而刻苦铭心的庚子国难，变成这八百册《永乐大典》的再一次恶梦。储放《永乐大典》的敬一亭被毁，精致的《永乐大典》书籍，竟被八国联军兵士用来堆积防御工事，乃至还用于给战车垫道。八国联军的随军高官们，也竞相乘火打劫，疯狂收罗《永乐大典》。这种劫匪们，临行还春风得意显摆：“未来中国丢失之文本，或在欧州出現”——你们的《永乐大典》，归我们了。
这般数番浩劫起来，待到清朝灭亡前夕，清廷手上的《永乐大典》，只剩余了可伶的六十四册。1949年國家建立后，历经各层面勤奋，原苏联日本东德陆续送还了《永乐大典》散卷，國家国家图书馆珍藏的《永乐大典》数量有221册，再加上海图书馆的珍藏，及其世界各地珍藏的《永乐大典》散卷，这一部以前三点七亿字规模的宝典，现如今仅存三百七十册，仅有的残本，浮萍草般飘零世界各国。如今全世界仅剩800余卷，400册上下，撒落在8个国家和地去的30多个单位和个体手上。在我国国家图书馆中存有约221册，台湾图书馆存有60册，这60册是以战争中远渡重洋先抵达英国，后运到中国台湾而存留起来的。
《永乐大典》原本仅有一套，可是却从没亮相过。有一种观点是，毁于乾清宫火灾，可是依据《天禄琳琅数目》记述，并沒有《永乐大典》；也有人说毁于明亡之时，闯王李自成的火灾，但仅仅一种猜想，没法确认；最有可能的一种是，做为嘉靖皇帝的随葬物，安葬在永陵秘境，尽管嘉靖皇帝病逝时，《永乐大典》并沒有完成，但嘉靖皇帝是人死之后三个月才安葬的，嘉靖帝安葬以后，原本也随着下落不明，可是除非是开启永陵，不然也无法确定。
对于明嘉靖副本为什么也只剩余好几百册，有科学研究权威专家觉得，是清代时，编写《四库全书》时，要查看《永乐大典》，这一全过程中，编书高官盗窃了很多的《永乐大典》。在《四库全书》进行以后，官方对《永乐大典》监管不那麼高度重视，一些高官借机行窃。 
而在近现代至今，钱钟书等专家学者们，也明确提出了惊人见解：《永乐大典》的“原本”，很可能伴随着嘉靖帝的过世一道安葬，储存在安葬嘉靖帝的定陵当中。假如说还有完整的版本，只可能是指望嘉靖皇帝的帝陵了。可这一观点，也只是是后人专家学者的推断。更何况以定陵的自然条件，这一部《永乐大典》纵是真在里面，又是不是能挺过時间的考验，迄今依然存留？显而易见，这是一个极不乐观的事儿。
但不管它是不是也有重见天日的一天，《永乐大典》的悲情命运，始终是一个痛心的经验教训：一个无法自立自强的国家，纵是历史时间再久远，又怎能守好文明的承传？
